Configure seu Ubuntu para usar proxy quando estiver usando terminal, apt-get e wget.

(cuidado com as aspas duplas neste artigo, pois o copiar/colar as transcreve para aspas comerciais)
Quando monto uma rede, em geral coloco no firewall+gateway permissão que deixe passar endereços de atualização do apt-get e assim todos na rede podem atualizar seu linux sem se preocupar com configurações de proxy, obviamente navegação e outros serviços somente com proxy.

Porém, alguns dias atras tive que montar uma rede em que não era possivel liberar o gateway, tudo teria de ser por proxy. Pesquisei pela internet e encontrei o Wiki do Sergio Araujo com uma dica valiosa sobre o uso do apt-get e wget usando proxy, tive que fazer algumas adaptações pois o artigo original é para Conectiva 10.
Antes de prosseguir com a dica devo alerta-los que a configuração baseia-se em colocar usuario+senha em arquivos de configuração do sistema, alguns desses arquivos estão disponíveis para leitura por outras contas de sistema, é o que chamamos de plain-text, assim dessa forma, NUNCA USE UMA CONTA DE PROXY QUE SEJA A MESMA DE OUTROS SERVIÇOS.
1) Para configurar o terminal para usar proxy :
Voce pode escolher acrescentar essas linhas no arquivo /etc/profile (para todas as contas em seu sistema) ou /home/usuario/.bash_profile (somente para a conta do usuario) :

http_proxy="http://usuario:senha@ip.do.servidor.proxy:porta"
ftp_proxy="http://usuario:senha@ip.do.servidor.proxy:porta"
export http_proxy ftp_proxy

Em geral a porta do proxy é 3128 ou 8080, o ip.do.servidor.proxy também pode ser um nome dns como intranet.minhaempresa.com.br. Se voce quiser poderá suprimir usuario:senha e deixar que os aplicativos de linha de comando requisitem-no quando necessário, o wget por exemplo possui parametros de usuario/senha, o lynx questiona a senha no momento da conexão, e assim por diante.
2) Para configurar o apt (apt-get) :

Vamos criar o arquivo /etc/apt/apt.conf.d/02proxy com o seguinte conteúdo :

Acquire {
 HTTP::PROXY=usuario:senha@ip.do.servidor.proxy:porta;
 FTP::PROXY=usuario:senha@ip.do.servidor.proxy:porta;
}

Os arquivos de configuração do APT que aparecem em “/etc/apt/apt.conf.d/” juntos formam uma única configuração, o numero na frente do nome do arquivo como “02proxy” é a tentativa de ordena-los, nós queremos que a configuração de usar proxy fique topo dessa configuração. Algo importante que voce poderia fazer é criar uma conta de proxy específica para uso com o apt-get, dessa forma voce poderia aproveitar pular o passo 1 e 3 se sua necessidade resume-se apenas a instalar/atualizar programas com o apt/synaptic.
3) Para configurar o wget :
Vamos utilizar o conceito de alias, isto é, criar um comando-apelido no terminal que replique outro comando. Voce novamente poderá escolher acrescentar essas linhas no arquivo /etc/profile (para todas as contas em seu sistema) ou /home/usuario/.bash_profile (somente para a conta do usuario) :

alias wget ="wget --proxy-user=usuario --proxy-passwd=senha"  (os dois traços são juntos)

Não é preciso se preocupar com o endereço do servidor de PROXY porque as váriaveis http_proxy e ftp_proxy do seu sistema irão supri-los.
É isso, novamente vou alerta-los, a senha em plain-text poderá ser observada por outras contas em seu sistema, com excessão de arquivos configurados em /home/usuario/.bash_profile que naturalmente cada usuário está restrito a ver somente o seu. Se pretente usar senhas configuradas nos arquivos em /etc/ é melhor dar permissão de leitura/escrita somente ao root e ainda por cima usar nome de contas de usuários cuja senha não sejam o mesmo de outros serviços deste computador ou de outros na rede. Senhas como “servidor123senha”, ou seja com certa metodologia pode entregar senhas de outros serviços ou computadores espalhados pela rede, senhas assim são de grande valor apenas para crackers (hackers do mal), tente mudar isso.