A algum tempo procuro algum programa que possa fazer o mesmo que o Ponto de restauração do Windows ou o Time Machine do Leopard. Bem não é que perdido na madrugada achei.
Ele se chama TimeVault ainda é um alpha mas promete, você pode baixa-lo aqui https://launchpad.net/timevault/. Após instalar o TimeVault será pedido para fazer logout do usuario. Após o logout você o encontrará em Aplicações > Ferramentas do Sistema > TimeVault . Abrindo o nautilus você verá em alguns diretórios o desenho de um relógio, isso mostra que o TimeVault criou um ponto de restauração para esse diretório, clicando com o botão direito nesse diretório e abrindo Propriedades você vera uma nova aba com os pontos de restauração para esse diretório. Agora se você apagar um arquivo por engano pode recuperar ele.

Fonte: http://ubuntuforum-br.org